Bereits in den 60er Jahren wurde in dem kleinen Oppendorf in der Gemeinde Stemwede eine Schule gebaut.
Durch den Einsatz einiger Christen besonders aus Espelkamp und Umgebung wurde das alte Schulgebäude aufgekauft und erweitert. Unterstützt und gefördert wurde diese Schulgründung vom Christlichen Schulverein Lippe e.V., dem die FEGS Stemwede dann zunächst angehörte.
Im Sommer 2004 startete der Schulbetrieb der Freien Evangelischen Grundschule Stemwede mit vierzig Kindern und drei Lehrern. In den folgenden Jahren wurde das Gebäude mit einem Anbau erweitert, zu den ursprünglich zwei Klassenräumen kamen sechs weitere Klassenräume, eine kleine Sporthalle, Küche etc. dazu. Auch die Schülerzahl wuchs. Derzeit sind rund 10 Lehrer und knapp 200 Kinder in der Schule.
Zum 01.01.2016 wechselte die Schule in die Trägerschaft des Christlichen Schulvereins Minden e.V. und gehört seitdem zu den FES Minden Schulen.